清朝时期
　　清朝（1644—1911）
　　希瓦汗国（1515—1873）
　　布哈拉汗国（1518—1785）
　　准噶尔汗国（1640—1759）
　　浩罕汗国（1710—1876）
　　清朝统一新疆（1760）
　　浩罕归属清朝（1760）
　　哈萨克归属清朝（1755）
　　土尔扈特西迁（1628）
　　土尔扈特东归（1771）
　　第二次鸦片战争（1856～1860年；咸丰六年至十年）英、法在俄、美支持下联合发动的侵华战争。
　　俄国征服中亚（1876）
　　中俄不平等条约割占中国领土：
　　《中俄勘分西北界约》：1864年，44万平方公里
　　《中俄伊犁条约》：1881年，7万多平方公里
　　（1）《中俄伊犁界约》 1882年
　　（2）《中俄喀什噶尔界约》1882年
　　（3）《中俄科塔界约》 1883年
　　（4）《中俄塔尔巴哈台西南界约》1883年
　　（5）《中俄续勘喀什噶尔界约》 1884年
　　新疆建省（1884）
　　中亚地区：
　　18世纪前半期，中亚河中地区内部分裂衰弱，整体动荡混乱。费尔干纳地区独立出来，浩罕汗国形成。哈萨克草原为一种准噶尔、哈萨克与俄国的三角磨擦关系。哈萨克汗国1723年经历“准噶尔大灾难”后，各部落西迁四散。中亚四周强邻迭起，北面沙俄向南扩张，步步进逼，南面阿富汗也崛起一个杜兰尼帝国。
　　1760年清朝平定噶尔丹叛乱，统一新疆，浩罕汗国和哈萨克各部落相继归属清朝，中亚出现了一个相对和平安定的时期。18世纪后半期，俄国向南推进，对中亚的政策以发展商业贸易为主，到世纪末，绝大多数俄国商人被从中亚市场排挤出去。布哈拉汗国和土库曼部落相继被俄国征服，通往撒马尔罕的铁路顺利建成。1865年2月俄国在中亚新占领区成立突厥斯坦省，中亚成了沙俄的殖民地。1898年12月，俄国的铁路从马雷延绅到阿姆河上的库什卡，由于英国的反对，俄国才没有继续向南扩展到阿富汗境内。不过，俄国仍然在阿富汗边境制造麻烦。
　　18世纪中叶是中亚历史上一个重要转折时期。清朝平定准噶尔部是一个划时代的事件。这不仅使中亚各汗国民族免除了来自东面经常的威胁，而且由于清朝国力强盛，统治稳定，遂形成一种空前的安定局面。另一方面，沙俄在这一时期向中亚的扩张意图还比较隐蔽，还只是缓慢的进行政治、文化渗透。在1760年以后的数十年里，中亚欧亚草原进入了政治上的和平安定时期。
　　清朝统一新疆后，原准噶尔部的领土归于清朝版图。客观上也有准噶尔汗国崛起强盛的历史贡献。沙俄对中国早有野心，从巴图尔洪台吉，到噶尔丹时期均未对沙俄出让一寸领土。到清朝平定准噶尔汗国后，西域宰桑湖、巴尔喀什湖以及伊塞克湖等地还都在中国的国界之内，而浩罕汗国的版图还很小，主要在费尔干纳地区。事实上，在清朝平定大小和卓叛乱的时期，西布鲁特部15部的柯尔克孜人都成了清朝的臣民。浩罕汗国也曾有数年臣服清朝。1771年初，原被准噶尔部排挤而西迁至伏尔加河下游的蒙古土尔扈特部因不堪沙俄的压迫，在渥巴锡的率领下，冲破沙俄军队的围追堵截，艰难跋涉八个多月，终于回到祖国的怀抱。
　　19世纪前期，浩罕发展成中亚大国，大肆扩张，强盛一时，成为中亚人口最多、地域最大的伊斯兰国家。俄、英、法帝国列强在世界争霸的同时，开始在伊朗角逐。中亚诸国一直受到列强的侵略欺凌。俄国先后兼并了格鲁吉亚、高加索，并用武力迫使伊朗成为附属国，俄国发动了对希瓦汗国的战争，伊朗在俄国的支持下向阿富汗扩张，英国则从印度对阿富汗发动战争，俄、英二国的战争都以失败告终。
　　19世纪后半期，俄国在第二次鸦片战争后占据巴尔喀什湖以东、以南的大面土地，并于1864年开始向中亚腹地大举入侵，至1876年征服中亚诸汗国。四处扩张、横行一时的浩罕汗国在图谋新疆屡遭失败后，也难逃沙俄的魔掌，最终沦为沙俄的殖民地。
　　新疆地区：
　　平定准噶尔：清代是中国近代疆域最后形成统一的多民族国家最终确定的时期。明末清初，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部。这些蒙古部族之间相互攻打，还经常南下骚扰内地。游牧于天山以北的西蒙古卫拉特四部中，准噶尔部渐强扩张，土尔扈特部西迁伏尔加河下游，随同西迁的还有部分和硕特、辉特、杜尔伯特部落人，他们因不堪沙俄的压迫，苦熬140年后又历经艰辛回归祖国；和硕特部迁居青藏高原；在新疆境内，除了一部分未迁走的土尔扈特人和和硕特人以外，就以准噶尔部和杜尔伯特部为主。
　　准噶尔汗国在巴图尔洪台吉时期对维护四部联盟，提倡农业，鼓励定居，保护喇嘛教，反抗沙俄扩张均有突出贡献，颇受称颂。而其第7个儿子噶尔丹则是个野心家，清朝从康熙到乾隆为平定噶尔丹叛乱花费了70年时间。清朝平定大小和卓叛乱之后采取政教分离等民族政策，新疆出现多种宗教并存局面，人口和经济空前发展，各民族文艺又有一定发展。
　　晚清新疆：19世纪中叶，由于帝国列强的侵略和清政府的封建压迫的加剧，引起全国人民的反抗。在天平天国起义、陕甘回民起义的影响下，新疆各地也爆发了大大小小的反清起义。 1864年6月，新疆库车爆发农民起义，建立热西丁政权；7月，和田建立帕夏政权；10月，伊犁建立苏丹政权。清代后期中亚浩罕汗国支持下的张格尔叛匪曾四次侵略新疆，最严重的是英俄支持的阿古柏匪帮在新疆横行虐使十三年，给新疆各族人民带来巨大灾难。阿古柏勾结英俄，利用各地割据政权之间的矛盾，各个击破，到1871年已侵占南疆各城以及吐鲁番、乌鲁木齐、玛纳斯等地。各地人民奋勇抵抗入侵匪寇。由于得不到统一而有效的指挥，数十万维吾尔、回族、克尔克孜、汉族等民族遭到血腥屠杀。
　　新疆是西大门，是中国同欧洲和阿拉伯各国交往的陆路通道，战略地位重要。沙皇俄国是侵略我国西北边疆的元凶。1864---1884年间，沙俄利用第二次鸦片战争中国战败、国力衰弱的机遇，通过一系列不平等条约[《中俄伊犁界约》、《中俄喀什噶尔界约》、《中俄科塔界约》、《中俄塔尔巴哈台西南界约》、《中俄续勘喀什噶尔界约》]割占中国西部51万多平方公里领土。
　　新疆危机：19世纪后半叶，清政府面临东西两面国家危机的严峻局面。1865年1月，浩罕国军官阿古柏入侵新疆；3月，乌鲁木齐建立清真王政权；1871年7月，沙俄武装强占伊犁；1872年6月，阿古柏在新疆的喀什、英吉沙、莎车、和田、阿克苏、乌什、库车悬挂出奥斯曼土耳其帝国国旗并发行货币；1874年，日本国入侵台湾。在清朝国力衰竭的严重情势下，清廷内部出现了两种截然不同的意见，这就是持续了几个月的所谓海防与塞防之争。实质是要不要收复新疆，要不要拯救新疆人民的大是大非问题。李鸿章为代表的海防派认为“海防西征，力难兼顾”，主张放弃新疆。左宗棠强调海防、塞防二者并重，不能扶起东边倒却西边，力主收复新疆。
　　这一场争论的结局是清朝政府采纳了左宗棠的意见，光绪元年（1875）四月初，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，拥有筹兵、筹饷和指挥全权。1876年6月，清军开赴新疆，仅用一年多的时间就收复新疆大片领土。1878年1月经和田最后一战，全部光复新疆，将阿古柏入侵势力彻底驱逐出境。
　　湘军西进，最终眼光投向伊犁，决心与沙俄作一番较量。沙俄到手的利益生变，恼羞成怒，扬言动武，在边境线增调军队，又派军舰在沿海游弋，风声鹤唳，剑拔弩张。这时，海防塞防争论焦点已从新疆全境缩小为伊犁一地。李鸿章痛诋左宗棠酿成兵战之祸，再次主张承认沙俄宰割伊犁之条件，而左宗棠反对，继续备战，坚持全部索还。
　　朝廷改派曾纪泽赴俄重议。更改已签条约本身就是难题，但内有左宗棠战备不懈，外有曾纪泽尊俎折冲，终于改订新约，将霍尔果斯河以东的伊犁辖区原状收回，免遭肢解。为了要收复伊犁，当时清朝政府首先派了一个谈判代表，叫崇厚，签订了一个《里瓦吉亚条约》，等于是没有打仗就割地赔款，后来又派了曾纪泽去改订条约。外交斗争必须要有武力为后盾，所以当时左宗棠做了充分准备，分兵三路，准备去收复伊犁。这时的左宗棠已经快70高龄了，身体不好，在营帐里面还吐血，于是他也为自己的后事做了准备，舆榇出关，也就是抬着棺材出了嘉峪关，准备和敌人决一死战，准备战死疆场。在左宗棠这样一种军事备战的支持下，曾纪泽通过外交斗争，终于修改了条约，争回来了一些权益。1890年，美国人史密斯出版了《中国人的气质》，在这本书里头，他高度评价了左宗棠收复新疆，说左宗棠的农垦大军彻底完成了他的使命，其伟绩在任何现代国家的史册上，都是最卓越的。
　　新疆建省：1883年年底，清军在收复新疆的进程中每克一城就设置善后局，办理善后事宜。这些临时性的地方行政机构，对医治战争创伤、监管地方民政、司法、赋税等重要工作方面成绩十分显著，为新疆建省打下了良好基础。1884年11月新疆建省，省会为迪化[乌鲁木齐]。新疆建省，统一了新疆与内地的行政制度，有利于人民的交往，促进了新疆社会经济的发展，加强了祖国的西北边防。
　　清政府统一新疆后，实行军府制统治，与1762年设伊犁将军于惠远城，为统治新疆全境的最高长官。伊犁、塔城、喀什噶尔各设参赞大臣，统辖当地军政；乌鲁木齐设都统，辖北疆各地及吐鲁番；喀什噶尔的参赞大臣辖喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、乌什、阿克苏、库车、焉耆八城的办事、领队大臣。伊犁将军及各地大臣皆不理民政，民政事务均由各民族头目自理，但他们的任免、承袭，悉由各地大臣办理，有的还要奏报朝廷。
　　清政府对新疆各族的统治，因传统制度不同而采用不同的办法：维吾尔族聚居地实行伯克制度；蒙古族聚居地实行札萨克制度；回、汉族移民聚居地[巴里坤、乌苏]按照内地行政建制，设镇迪道，下辖各府、州、县。清政府还从东北、内蒙等地迁移锡伯族、索伦族、厄鲁特、察哈尔四营官兵携家眷驻防伊犁，加强西北边防。自乾隆统一新疆后较长一段时间里，因上述举措得宜，新疆社会基本上是政治稳安定、经济发展的。
　　新疆建省是历史发展的必然趋势。他统一了西陲边疆与内地的行政建制，取消了对人民迁徙的限制，密切了内地与新疆各方面的联系，促进了新疆经济、文化的发展，增强了抵抗俄、英等帝国列强的力量。然而，新疆统治中心过早的自伊犁东移到乌鲁木齐，也是沙俄割占我国50余万平方公里领土所造成的恶果。
　　帕米尔问题：帕米尔古称葱岭，自公元前60年汉设西域都护府起，即为中国的领土，到清朝，中央政府对此仍然进行着有效的统治。曾设置大小卡伦20余处。沙俄从1876—1890年，先后派遣10多批“考察队”，潜入我国帕米尔地区。1891年7月，甚至派上校约诺夫率马、步、炮兵300多人侵入帕米尔，劫走了乾隆帝写的记叙平定回部大小和卓木叛乱经过的苏满塔什纪功碑。1892年，约诺夫率领侵略军1500多人，两次侵入帕米尔地区，公然违反1884年《中俄续勘喀噶尔界约》的规定，强行侵占了萨雷阔勒岭以西郎库里、阿克塔什平川和阿尔楚尔等中国2万多平方公里的领土。
　　清政府为此多次向沙俄政府提出抗议，并要求沙俄撤走侵略军。沙俄企图通过谈判使其侵占“合法”化，便要求中俄举行划界谈判。喀西尼在会谈中提出以萨雷阔勒岭为中俄边界。中国驻俄公使许景澄据理驳斥了沙俄的无理要求，沙俄竟然拒绝与许谈判。1893年4月16日，清政府派汉驻法参赞常庆与俄外交大臣吉尔斯谈判。常庆力主按喀约划界，据理力争，使吉尔斯理屈词穷。由于沙俄并无诚意，致使趁中国在中日甲午战争中战败之机，背着中国政府与法国达成瓜分萨雷阔勒岭以西的中国帕米尔领土的协议。
　　1876年以后，英俄对中亚的控制、争夺加剧，双方开始把争夺的目光转向中国的帕米尔地区。经过激烈的争吵，英俄背着清政府与1895年3月11日秘密签订了关于划分帕米尔势力范围的《英俄协议》，规定俩国在帕米尔地区的分界线，并与1895年7月9日树立了界桩，私分了我国的帕米尔。当清政府从外国报刊上获知英俄私分帕米尔后，对英俄提出强烈抗议。发表声明表示：“此后日必重申前说”，表明中国对帕米尔享有主权的严正立场。1894年4月，清政府被迫与俄方互换照会，同意在帕米尔地区维持现状，互不进兵，同时重申中俄帕米边界问题并未解决，中国并未放弃对帕米尔领土的权利。
　　清政府同意在中、俄关于帕米尔问题未得到最终解决以前，双方保持各自的位置，“并不意味着放弃中国对于目前由中国军队所占领土以外的帕米尔领土所原有的权利”。此后的历届中国政府从来没有承认过沙俄违约侵占上述地区的合法性。十月革命后新成立的苏联政府也承认苏、中在帕米尔地区存在着边界问题。1926年3月25日，中国政府向苏联政府提出：“帕米尔地方本系中国领域，于1892年被前帝俄政府以借境为言派兵强占，迄今成为悬案。”同年4月14日，苏联政府复照中国政府；“至从前未划界之处，亦应另定新界。”即同意在适当时机举行苏、中关于帕米尔地区边界问题的谈判，以处理历史上遗留下来的问题。但时至今日，这个问题仍未解决。
　　中亚居民国属变化：
　　18世纪后半期，由于清朝消灭了准噶尔汗国，中亚获得相对的和平与安定，大批逃难者迁到费尔干纳定居，该地区即有大量乌兹别克人，还有阿拉伯人、土耳其人、柯尔克孜人等种族集团。吉尔吉斯人以汉代坚昆，唐代黠戛斯为渊源，即今柯尔克孜民族的前身。哈萨克人的渊源为塞人、乌孙人、匈奴人、康居人、阿兰人、可萨、咄陆、突骑施、葛逻禄、克烈、乃蛮、钦察、弘吉刺惕、札刺亦儿等古代民族和部族。
　　清代新疆民族结构发生重大变化，大体分为伊斯兰文化诸族和非伊斯兰诸族。